Dans la cosmogonie héliopolitaine, il est le dieu créateur de l'univers. Il est le "tout" et le "néant" à la fois, comme son nom l'indique. Émergeant des eaux du Noun à Héliopolis, sur une colline dite le ben-ben, il créa le premier couple divin Shou et Tefnout.

Il est donc représenté soit sous forme d'une homme portant la double couronne, le pschent, tenant dans une main le sceptre was et dans l'autre l'ankh (signe de vie), soit sous forme du tertre originel.

Il fut associé à plusieurs divinités féminines comme Temet ou Nebet-Hétépet mais aussi au soleil couchant. Dès la seconde dynastie, il est assimilé au soleil. En tant que Rê-Atoum, astre du soir, figuré sous les traits d'un vieillard, il devenait le serpent du voyage dans l'au-delà, parcourant le monde nocturne pour réapparaître au matin. Dans le Livre des Morts, Atoum annonce à Osiris qu' "à la fin du monde il détruira tout ce qu'il a créé et se transformera en anguille ou en serpent primordial", pouvant ainsi à nouveau créer le monde.

Sous l'Ancien Empire, "Souverain des Deux-Terres", il est le protecteur de la monarchie et de la pyramide royale.

Ses animaux sacrés sont le lion et le serpent.

Adoré dans le delta, son sanctuaire principal résidait à Héliopolis. La cité a aujourd'hui disparu sous le Caire et il ne reste que peu de vestiges de ce lieu principal du culte solaire de l'Égypte antique.