Il faudra attendre la XIème dynastie (2160-1998 avant J.C.) pour que les pharaons s'intéressent à nouveau à la Nubie égyptienne. Dans une période de troubles, des nomarque thébains prennent le pouvoir, imposant leur autorité sur le nord et unifiant à nouveau les Deux-Terres. Ceux sont les Antef et les Mentouhotep.

Le plus célèbre est sans aucun doute Mentouhotep II Nebhepetrê "Fils de Rê", avec 51 ans de règne. Succédant à Antef III en -2061, "Celui qui vivifie le coeur des Deux Terres" se consacra à restaurer le pays, à l'unifier et à bâtir des édifices grandioses, témoignage d'une puissance retrouvée (dont le célèbre sanctuaire dans le cirque de Deir el Bahari). En politique extérieure, il ne soumit pas définitivement la Nubie.

Il fit ériger un fort à Éléphantine, remonta le Nil (sa trace est perçue à Kasr Ibrîm), consolida les frontières, assura les routes caravanières en prenant l'oasis de Kourkour. Deux de ses expéditions nous sont connues : celle de l'an 29 de son règne et celle de l'an 31, où il contrôla définitivement le Wawat (Basse Nubie).

La forteresse de Bouhen retrouva son rôle administratif, redevenant un centre commercial égyptien actif, les échanges commerciaux s'intensifiant sous cette période de prospérité et de paix retrouvée grâce à Mentouhotep II.

A sa mort, vers -2010, Montouhotep III "Celui qui vivifie ses Deux Terres", second fils de Mentouhotep II prit le pouvoir pour douze ans et continua l'œuvre de son père. Il fit ériger des fortifications afin de défendre les frontières, et surtout fit creuser pas moins de dix puits en Basse Nubie afin d'assurer le ravitaillement en eau le long des routes caravanières. Nous savons qu'en l'an 8 de son règne il organisa une expédition en direction du pays du Pwéné (ou Pount) duquel il sera ramené encens et gomme arabique.

A sa mort, vers -1997, la situation en Égypte est confuse et le règne de Mentouhotep IV reste méconnu. Il semblerait qu'il soit l'initiateur de la création du port Mersa Gawasis, sur la Mer Rouge, en direction de pays de Pount.

La dynastie des rois thébains s'éteint avec Mentouhotep IV, Amenemhat Ier inaugurant la XIIème dynastie.