Depuis 1983, le sud chrétien s'oppose au nord musulman. A cette guerre de religion s'ajoutent les conflits ethniques. Depuis 2003, la province occidentale du Darfour, entièrement musulmane est en proie à un conflit des plus sanglants, opposant deux tribus "les peaux rouges" (éleveurs et commerçants) et "les peaux noires" (essentiellement des agriculteurs). Les miliciens "janjawids"aidés de l'armée régulière sèment la terreur et saccagent les villages des "peaux noires", provoquant un véritable exode. Plus de 400 réfugiés traversent chaque jour la frontière du Tchad.

Il est donc interdit de se déplacer dans l'Ouest et le Sud du pays. Bien que les hostilités dans les états du sud soient terminées depuis un an, la sécurité est peu assurée, notamment à l'extérieur des villes.

Les sites archéologiques peuvent être visités après avoir obtenu une autorisation auprès du Musée National. La majorité est payante à l'exception des sites de Soleb, Sai et Sedeinga.